Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
PROM1O43490 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PROM1O43490 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PROM1O43490 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PROM1O43490 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PROM1O43490 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PROM1O43490 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PROM1O43490 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PROM1O43490 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PROM1O43490 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PROM1O43490 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PROM1O43490 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PROM1O43490 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PROM1O43490 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PROM1O43490 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PROM1O43490 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PROM1O43490 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PROM1O43490 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
PROM1O43490 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PROM1O43490 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PROM1O43490 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PROM1O43490 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PROM1O43490 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PROM1O43490 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PROM1O43490 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
PROM1O43490 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PROM1O43490 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PROM1O43490 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PROM1O43490 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PROM1O43490 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PROM1O43490 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
PROM1O43490 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PROM1O43490 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PROM1O43490 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PROM1O43490 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PROM1O43490 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PROM1O43490 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PROM1O43490 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PROM1O43490 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PROM1O43490 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PROM1O43490 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PROM1O43490 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PROM1O43490 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PROM1O43490 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PROM1O43490 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PROM1O43490 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PROM1O43490 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PROM1O43490 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PROM1O43490 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
PROM1O43490 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PROM1O43490 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PROM1O43490 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PROM1O43490 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PROM1O43490 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PROM1O43490 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PROM1O43490 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PROM1O43490 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PROM1O43490 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PROM1O43490 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms