Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms