Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A1P02462 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A1P02462 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms