Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
SP140Q13342 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
SP140Q13342 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
SP140Q13342 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
SP140Q13342 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SP140Q13342 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SP140Q13342 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SP140Q13342 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms