Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
PDLIM3Q53GG5 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms