Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
MSX1P28360 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms