Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
SKA1Q96BD8 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms