Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CCDC54Q8NEL0 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC54Q8NEL0 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms