Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMCH1Q9UPQ0 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMCH1Q9UPQ0 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms