Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms