Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
USF3Q68DE3 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC15.7■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms