Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIG1P18858 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIG1P18858 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIG1P18858 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
LIG1P18858 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms