Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LHX3Q9UBR4 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LHX3Q9UBR4 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms