Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms