Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.7 ms