Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
CHMP3Q9Y3E7 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
CHMP3Q9Y3E7 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CHMP3Q9Y3E7 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms