Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC3Q9BQI4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC3Q9BQI4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC3Q9BQI4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.7 ms