Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP28Q96RU2 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
USP28Q96RU2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP28Q96RU2 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP28Q96RU2 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP28Q96RU2 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87 ms