Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC19.55■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
RPUSD4Q96CM3 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
RPUSD4Q96CM3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC19.44■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC19.44■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
RPUSD4Q96CM3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms