Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SYNE3Q6ZMZ3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SYNE3Q6ZMZ3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms