Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.77■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.77■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
NCBP3Q53F19 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.76■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC32.73■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
NCBP3Q53F19 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
NCBP3Q53F19 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.81
NCBP3Q53F19 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC32.54■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC32.54■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.53■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
NCBP3Q53F19 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms