Protein–RNA interactions for Protein: Q16799

RTN1, Reticulon-1, humanhuman

Predictions only

Length 776 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN1Q16799 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
RTN1Q16799 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
RTN1Q16799 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
RTN1Q16799 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
RTN1Q16799 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms