Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
SCN9AQ15858 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
SCN9AQ15858 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC30.46■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC30.45■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
SCN9AQ15858 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SCN9AQ15858 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC30.35■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SCN9AQ15858 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SCN9AQ15858 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
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