Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC38.2■■■■□ 3.71
TCOF1Q13428 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.2■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC38.19■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC38.18■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC38.15■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.14■■■■□ 3.7
TCOF1Q13428 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC38.12■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC38.12■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.12■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC38.1■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC38.1■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC38.09■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC38.09■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC38.08■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.07■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC38.07■■■■□ 3.69
TCOF1Q13428 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC38.05■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC38.04■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC38.03■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC38.02■■■■□ 3.68
TCOF1Q13428 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC38■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC37.96■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC37.95■■■■□ 3.67
TCOF1Q13428 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC37.94■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC37.92■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC37.91■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.91■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC37.9■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
TCOF1Q13428 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
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