Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIM2P55344 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIM2P55344 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIM2P55344 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LIM2P55344 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIM2P55344 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIM2P55344 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIM2P55344 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIM2P55344 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIM2P55344 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LIM2P55344 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIM2P55344 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIM2P55344 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIM2P55344 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIM2P55344 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIM2P55344 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIM2P55344 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIM2P55344 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIM2P55344 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIM2P55344 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIM2P55344 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIM2P55344 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIM2P55344 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIM2P55344 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIM2P55344 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIM2P55344 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIM2P55344 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIM2P55344 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
LIM2P55344 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIM2P55344 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIM2P55344 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIM2P55344 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIM2P55344 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIM2P55344 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIM2P55344 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIM2P55344 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIM2P55344 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIM2P55344 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIM2P55344 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIM2P55344 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIM2P55344 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIM2P55344 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIM2P55344 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIM2P55344 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIM2P55344 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIM2P55344 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIM2P55344 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIM2P55344 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms