Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
HOXC9P31274 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC33.58■■■□□ 2.97
HOXC9P31274 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
HOXC9P31274 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC33.47■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
HOXC9P31274 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.42■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.42■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC33.41■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC33.39■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
HOXC9P31274 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms