Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
TNFP01375 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TNFP01375 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFP01375 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFP01375 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFP01375 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFP01375 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TNFP01375 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFP01375 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFP01375 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFP01375 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFP01375 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
TNFP01375 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TNFP01375 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TNFP01375 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFP01375 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFP01375 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFP01375 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TNFP01375 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFP01375 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFP01375 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFP01375 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFP01375 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TNFP01375 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFP01375 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFP01375 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFP01375 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TNFP01375 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFP01375 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFP01375 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFP01375 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFP01375 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TNFP01375 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFP01375 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFP01375 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TNFP01375 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
TNFP01375 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFP01375 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFP01375 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TNFP01375 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TNFP01375 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFP01375 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFP01375 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TNFP01375 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TNFP01375 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TNFP01375 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TNFP01375 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TNFP01375 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TNFP01375 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TNFP01375 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TNFP01375 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFP01375 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFP01375 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFP01375 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TNFP01375 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TNFP01375 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFP01375 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFP01375 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFP01375 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TNFP01375 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFP01375 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TNFP01375 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms