Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SDC3O75056 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC3O75056 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC3O75056 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC3O75056 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC3O75056 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SDC3O75056 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SDC3O75056 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SDC3O75056 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SDC3O75056 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC3O75056 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC3O75056 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SDC3O75056 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC3O75056 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC3O75056 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SDC3O75056 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SDC3O75056 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC3O75056 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC3O75056 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SDC3O75056 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC3O75056 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SDC3O75056 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC3O75056 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SDC3O75056 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC3O75056 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC3O75056 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC3O75056 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC3O75056 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SDC3O75056 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC3O75056 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC3O75056 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SDC3O75056 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SDC3O75056 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SDC3O75056 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SDC3O75056 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SDC3O75056 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SDC3O75056 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SDC3O75056 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SDC3O75056 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SDC3O75056 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SDC3O75056 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SDC3O75056 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SDC3O75056 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SDC3O75056 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SDC3O75056 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SDC3O75056 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SDC3O75056 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SDC3O75056 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SDC3O75056 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SDC3O75056 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SDC3O75056 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SDC3O75056 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SDC3O75056 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SDC3O75056 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SDC3O75056 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SDC3O75056 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SDC3O75056 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SDC3O75056 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SDC3O75056 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SDC3O75056 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SDC3O75056 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SDC3O75056 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms