Protein–RNA interactions for Protein: A6NDZ8

MBD3L4, Putative methyl-CpG-binding domain protein 3-like 4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 208 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MBD3L4A6NDZ8 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
MBD3L4A6NDZ8 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
MBD3L4A6NDZ8 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
MBD3L4A6NDZ8 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms