Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.8 ms