Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL18A1P39060 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL18A1P39060 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms