Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIG1P18858 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms