Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms