Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC39Q9UFE4 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC39Q9UFE4 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms