Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP4AQ9BY43 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP4AQ9BY43 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms