Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
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SF3A1Q15459 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
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SF3A1Q15459 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
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SF3A1Q15459 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SF3A1Q15459 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms