Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms