Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SYNE4Q8N205 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
SYNE4Q8N205 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE4Q8N205 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE4Q8N205 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SYNE4Q8N205 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms