Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 COA4-201ENST00000355693 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PIN4-203ENST00000373669 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL355432.1-201ENST00000522960 564 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC135178.5-201ENST00000602597 674 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC008033.3-201ENST00000612531 1407 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
MSH5O43196 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL121949.1-201ENST00000402043 968 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC107909.1-201ENST00000523226 595 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC004918.1-201ENST00000467537 770 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC104984.3-201ENST00000581946 546 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 STARD13-AS-240ENST00000609608 865 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC006386.1-201ENST00000619436 415 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
MSH5O43196 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH5O43196 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH5O43196 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH5O43196 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH5O43196 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
MSH5O43196 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms