Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXC9P31274 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms