Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG1P18858 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG1P18858 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG1P18858 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG1P18858 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms