Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms