Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms