Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
PRPF39Q86UA1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PRPF39Q86UA1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
PRPF39Q86UA1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms