Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP39Q53GS9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP39Q53GS9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP39Q53GS9 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP39Q53GS9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms