Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SP140Q13342 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SP140Q13342 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SP140Q13342 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SP140Q13342 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SP140Q13342 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SP140Q13342 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SP140Q13342 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SP140Q13342 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SP140Q13342 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SP140Q13342 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SP140Q13342 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SP140Q13342 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SP140Q13342 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SP140Q13342 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SP140Q13342 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SP140Q13342 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SP140Q13342 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SP140Q13342 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SP140Q13342 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SP140Q13342 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SP140Q13342 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SP140Q13342 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SP140Q13342 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SP140Q13342 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SP140Q13342 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SP140Q13342 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SP140Q13342 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SP140Q13342 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SP140Q13342 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SP140Q13342 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SP140Q13342 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SP140Q13342 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SP140Q13342 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SP140Q13342 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SP140Q13342 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SP140Q13342 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SP140Q13342 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SP140Q13342 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SP140Q13342 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SP140Q13342 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SP140Q13342 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SP140Q13342 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SP140Q13342 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SP140Q13342 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SP140Q13342 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SP140Q13342 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SP140Q13342 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SP140Q13342 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SP140Q13342 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SP140Q13342 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SP140Q13342 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SP140Q13342 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SP140Q13342 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SP140Q13342 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SP140Q13342 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SP140Q13342 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SP140Q13342 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SP140Q13342 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SP140Q13342 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SP140Q13342 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SP140Q13342 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SP140Q13342 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SP140Q13342 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SP140Q13342 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SP140Q13342 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SP140Q13342 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
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