Protein–RNA interactions for Protein: P33076

CIITA, MHC class II transactivator, humanhuman

Predictions only

Length 1,130 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CIITAP33076 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CIITAP33076 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CIITAP33076 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CIITAP33076 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CIITAP33076 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CIITAP33076 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CIITAP33076 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CIITAP33076 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CIITAP33076 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CIITAP33076 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CIITAP33076 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CIITAP33076 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CIITAP33076 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CIITAP33076 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CIITAP33076 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CIITAP33076 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CIITAP33076 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CIITAP33076 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CIITAP33076 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CIITAP33076 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CIITAP33076 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CIITAP33076 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CIITAP33076 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CIITAP33076 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CIITAP33076 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CIITAP33076 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CIITAP33076 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CIITAP33076 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CIITAP33076 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CIITAP33076 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CIITAP33076 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CIITAP33076 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CIITAP33076 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CIITAP33076 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CIITAP33076 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CIITAP33076 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CIITAP33076 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CIITAP33076 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CIITAP33076 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CIITAP33076 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CIITAP33076 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CIITAP33076 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CIITAP33076 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CIITAP33076 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CIITAP33076 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CIITAP33076 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CIITAP33076 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CIITAP33076 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CIITAP33076 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CIITAP33076 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CIITAP33076 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CIITAP33076 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CIITAP33076 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CIITAP33076 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CIITAP33076 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CIITAP33076 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CIITAP33076 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CIITAP33076 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CIITAP33076 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 138.1 ms