Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX1P28360 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
MSX1P28360 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSX1P28360 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX1P28360 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX1P28360 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSX1P28360 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSX1P28360 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSX1P28360 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSX1P28360 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSX1P28360 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
MSX1P28360 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSX1P28360 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX1P28360 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX1P28360 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX1P28360 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX1P28360 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSX1P28360 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX1P28360 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX1P28360 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX1P28360 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSX1P28360 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSX1P28360 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSX1P28360 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX1P28360 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX1P28360 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSX1P28360 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSX1P28360 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX1P28360 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSX1P28360 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX1P28360 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSX1P28360 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX1P28360 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX1P28360 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX1P28360 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSX1P28360 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
MSX1P28360 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
MSX1P28360 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX1P28360 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX1P28360 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.6 ms