Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD4P09016 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD4P09016 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXD4P09016 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXD4P09016 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms