Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM49D1C9J1S8 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM49D1C9J1S8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM49D1C9J1S8 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM49D1C9J1S8 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM49D1C9J1S8 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM49D1C9J1S8 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM49D1C9J1S8 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms